Next Generation Sequencing im Rahmen von Langzeitbeobachtungen marinen Phytoplanktons - Eine Methodenevaluierung


Contact
Alexandra.Kraberg [ at ] awi.de

Abstract

Im Zeitraum vom 15.03. bis 26.05.2016 wurden zweimal pro Woche Meerwasserproben der Helgoländer Reede mit den Koordinaten 54.18333333 N und 7.9 E, ab dem 26.04.2016 Proben von einem zweiten Standort vor Helgoland mit den Koordinaten 54.186053 N und 7.887934 E filtriert und die Filter eingefroren. An den entsprechenden Tagen wurden, parallel zu den Filtrationen, lichtmikroskopische Planktonzählungen fixierter Reede-Proben durchgeführt. Am AWI Standort Bremerhaven folgten die molekularbiologischen Arbeitsschritte. Die DNS auf den Probenfiltern wurde isoliert, mittels 18S PCR-Amplifikation amplifiziert und anschließend aufgereinigt. Die Sequenzierung erfolgte mit der Illumina NGS Technologie. Nach der Prozessierung der Sequenzrohdaten konnten OTU´s erhalten und diese für weiter Auswertungsschritte verwendet werden. Es wurden Schaubilder erstellt und statistische Tests durchgeführt, um die Daten aus der Sequenzierung mit den lichtmikroskopischen Planktonzählungen und Proben verschiedener Entnahmestelle und Filtrationsmethode zu vergleichen.



Item Type
Thesis (Other)
Authors
Divisions
Primary Division
Programs
Primary Topic
Research Networks
Publication Status
Published
Eprint ID
42123
Cite as
Klenk, R. (2016): Next Generation Sequencing im Rahmen von Langzeitbeobachtungen marinen Phytoplanktons - Eine Methodenevaluierung , Other thesis, Hochschule Esslingen.


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