Im Zuge der Instanthaltungsmaßnahmen des Hamburger Hafens sind seit 2005 etwa 5 Mio m³ Baggergut in die Nordsee umgelagert worden. Diese Umlagerung von Elbsedimenten ist an die Einhaltung verschiedener Maßgaben gebunden, welche unter anderem ein regelmäßiges Monitoring der Umlagerungsstelle E3 vorschreiben. Das Monitoringprogramm umfasst Peilungen sowie Untersuchungen des Wasserkörpers, der Sedimente, der Schadstoffanreicherung in Organismen, des Makrozoobenthos und der Fischfauna. Im August 2009 wurden erstmals Proben zur Untersuchung der benthischen Bakteriengemeinschaften in das Monitoring einbezogen. Diese sollen zeigen, ob und inwiefern sich die Gemeinschaften bedingt durch die Umlagerungsprozesse verändern. Die Analysen basieren auf einer molekularbiologischen Fingerprinttechnik, die ein Profil der bakteriellen Gemeinschaft generiert. In multivariaten Analysen wird das Profil einer Probe mit denen anderer Proben verglichen und ein Einfluss erhobener analytischer Daten auf die Bakteriengemeinschaften untersucht. Auch 2011 wurden im Rahmen der von HPA organsierten Monitoring-Ausfahrten Proben für molekularbiologische Analysen im Umlagerungsgebiet entnommen. Die Ergebnisse der Analysen aus 2009 und 2010 weisen auf einen Einfluss der Umlagerungen auf die Bakteriengemeinschaften hin. Nach der im Winter 2009/2010 stattgefundenen Verbringung konnten signifikante Veränderungen der Gemeinschaftsstruktur an der Einbringstelle beobachtet werden. Alle Redundanzanalysen wiesen auf einen starken Gradienten erzeugt durch die Negativkorrelation von sandigem Sediment bzw. organischen Schadstoffen zu schlickigem Sediment und positiv korrelierten Nährstoffen und Schwermetallen auf. Auch phylogenetische Analysen der Bakteriengemeinschaft zeigten Unterschiede zwischen Einbringstelle und Referenzgebiet. Es wurden nennenswerte Unterschiede in der Gruppe der sulfatreduzierenden Bakterien aufgezeigt. An der Einbringstelle wurden vermehrt schwefelreduzierende Bakteriengruppen detektiert, während alle anderen Standorte sulfatreduzierende Bakteriengruppen in größerer Anzahl aufwiesen. Die Auswirkungen der Umlagerung lassen sich anhand der bisherigen mikrobiologischen Untersuchungen auf die Einbringstelle eingrenzen.